抗体序列FTO初筛（Antibody Sequence FTO Screening）

开展抗体及生物序列专利检索和FTO风险初筛

抗体序列 FTO 分析技能

概述

本技能针对人源化抗体（或其他治疗性抗体）的重链（HC）和轻链（LC）蛋白序列，执行系统性自由实施（FTO）初步筛查，输出结构化 HTML 报告。

典型输入：

• 抗体名称 + HC 全长氨基酸序列
• 抗体名称 + LC 全长氨基酸序列
• （可选）靶点名称、治疗适应症、目标上市国家/地区

典型输出：

• 序列比对结果摘要（Top 命中、同一性、claimed 状态）
• CDR / 框架区 / Fc 区风险分级表
• Anti-靶点专利格局概览
• 行动建议（按优先级分级）
• 带 PatSnap 来源链接的 HTML 报告

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工作流程

Step 0 — 解析序列

• 识别信号肽、VH/VL 区、CDR1/2/3（Kabat 编号）、框架区（FR1–4）、CH/CL 区、Fc 区
• 提取用于 BLAST 比对的成熟序列（去除信号肽）

Step 1 — 序列 BLAST 比对

使用 ls_sequence_search_submit 对 HC 和 LC 分别提交 PROTEIN 序列搜索：

• sequence_type: PROTEIN
• query_type: PROTEIN
• database: ["ALLPATENT", "CLAIMS"]
• evalue: 1e-5

轮询 ls_sequence_search_check_status 直至 SUCCESS，再用 ls_sequence_search_get_results 获取 Top 命中。

关注维度：

• identity ≥ 90%：中风险，需分析 CDR vs 框架区差异
• identity ≥ 95%：高风险，需立即拉取对应专利权利要求
• claimed = Yes：已被权利要求保护，风险更高
• claimed = No：出现于说明书但未受权利要求保护，需进一步核查

Step 2 — 抗体-抗原数据库查询（可选）

使用 ls_antibody_antigen_search 以靶点名称检索已知抗体，识别相关竞争抗体及其专利关联。

Step 3 — 靶点专利格局检索

使用 patsnap_search 检索靶向目标抗原的抗体专利：

• keywords: [靶点名, "antibody", "monoclonal", "humanized"]
• filters.ipc: ["C07K16"]
• 关注 legal_status: active / pending

Step 4 — 风险分级

按以下维度逐项评估：

维度	评估逻辑
HC CDR 区	与命中序列 CDR 比对，差异 ≥ 3 aa 视为低风险
LC CDR 区	同上
HC 框架区	通用 VH 框架属公共域；需核查是否有 genus claim 覆盖
LC 框架区	同上；若 identity ≥ 99% 需重点核查
Fc 区	标准 IgG1/2/4 Fc 为公共域；Fc 工程改造专利需单独评估
靶点层面	检查靶向同一抗原的活跃专利权利要求范围

风险等级：🟢 低 / 🟡 中 / 🔴 高

Step 5 — 生成 HTML 报告

输出包含以下 Tab 的完整 HTML 报告：

1. 总览：分析范围、核心发现、整体 FTO 结论
2. 序列信息：彩色标注 HC/LC 序列（信号肽/CDR/框架/Fc）、CDR 明细表
3. HC 比对结果：Top 命中、同一性进度条、参比抗体 CDR 差异对比
4. LC 比对结果：高相似命中预警、Top 命中、CDR 差异分析
5. 专利格局：靶点专利格局表、参比抗体来源分析
6. 风险评估：序列层面逐项风险评分（含进度条）、靶点竞争格局
7. 行动建议：按优先级 1/2/3 分级的具体追查步骤
8. 参考来源：带 PatSnap 可点击链接的来源清单

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重要约束

• ⚠️ 本技能输出为技术研究性 FTO 初步筛查，不构成正式法律意见
• 最终 FTO 结论需专利律师对权利要求逐条比对后给出
• 所有结论需绑定可追溯的 [S#] 来源标记
• 不捏造序列同一性数据、专利号或权利要求内容
• 仅当工具返回结果时才输出相应内容，无结果则明确说明

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触发条件

当用户提供以下任意组合时加载本技能：

• 抗体蛋白序列（HC 和/或 LC）+ FTO / 自由实施 / 侵权风险 / 专利风险
• "抗体序列专利比对"
• "针对 [序列] 做 FTO 分析"
• "序列 BLAST + 专利检索"

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典型查询示例

• 针对以下 Anti-CD5 人源化抗体序列，做一个 FTO 分析：[HC 序列] [LC 序列]
• 这条抗 HER2 抗体序列有没有专利侵权风险？[序列]
• 帮我评估这条 PD-1 单抗的重链序列在专利上是否干净
• 对 Anti-EGFR 人源化抗体做序列层面的 FTO 初步筛查，并生成 HTML 报告

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参考实例

本技能首次运行于 Anti-CD5 人源化抗体（HC 468 aa / LC 232 aa）FTO 分析， 关键发现：

• HC Top 命中最高同一性 93.8%（序列号 452888634），CDR 区差异显著，低风险
• LC Top 命中最高同一性 99.5%（序列号 1049013451，not claimed），需重点核查对应专利权利要求
• 整体 FTO 初步结论：中低风险