paper-reader

论文阅读入库全流程：DOI/PDF → JARVIS初稿 → Codex价值评估+精读 → Kimi Code review → commit/push

Paper Reader — 论文阅读入库流程

触发方式

用户发来以下任一格式：

text

读论文，DOI: 10.xxxx/xxxxx
读论文，arXiv: 2301.12345
读论文，PDF: /path/to/paper.pdf

可选 flag：

• --精读：跳过 Codex 价值评估，直接进入精读补充流程
• --重排：触发 CODEX_DEEP_READ.md 的 Tier 全面重排（默认只追加）

启动知会： 每次触发此 Skill 时，必须先回复用户：

text

📄 启动论文入库流程：[标题或入口标识]，模式：[精读/自动评估]，来源：[DOI/arXiv/PDF]

---

流程图

text

DOI / arXiv / PDF 入口
    ↓
[0] 查重 → 重复？→ 终止，提示文件路径
    ↓
[1] 获取论文元数据（标题、作者、期刊、摘要）
    ↓  ← 失败即终止
[2] JARVIS 生成初稿 .md → 存入仓库对应分类
    ↓
[3] Codex 价值评估 ← 若有 --精读 flag 则跳过
    ↓              ↓
  精读(≥3)    粗读(<3) → JARVIS 标记粗读 → 写文件 → commit/push → 结束
    ↓
[4] Codex 精读补充（公式/代码梳理）
    ↓
[5] JARVIS 更新 CODEX_DEEP_READ.md
    ↓  (默认追加；若 --重排 则全面重排 Tier)
[6] Kimi Code review（公式推导/代码流程/语法/逻辑/提问）
    ↓
[7] JARVIS git commit + push → 完成通知

状态追踪： 每个步骤完成后，JARVIS 更新 paper.md 中的状态标签：

markdown

**流程状态：** ①元数据 ✓ | ②初稿 ✓ | ③评估 ✓(精读) | ④补充 ✓ | ⑤索引 ✓ | ⑥review ✓ | ⑦提交 ⏳

断点恢复：若流程中断，下次触发时 JARVIS 读取状态标签，从最后未完成的步骤继续。

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详细步骤

Step 0：查重

在 <你的论文库路径>/ 中搜索：

• 同名文件（标题相近）
• 相同 DOI（全文搜索）
• 相同 arXiv ID

若重复 → 提示 Doctor"该论文已存在：[文件路径]"，终止流程。

Step 1：获取论文元数据

DOI 入口：

• 使用 web_fetch 访问 https://doi.org/10.xxxx/xxxxx
• 提取：标题、作者、期刊名、出版日期、Abstract
• 若 DOI 链接失效 → 立即终止，提示 Doctor"DOI 不可访问："

arXiv 入口：

• 使用 web_fetch 访问 http://export.arxiv.org/api/query?id_list=<arxiv_id>
• 解析 XML 获取：标题、作者、Abstract、分类
• 若 arXiv API 无响应 → 提示 Doctor 后终止

PDF 入口：

• 使用任意 PDF 提取工具（pdftotext / pdfplumber / 其他）提取文本
• 从文本中识别：标题、作者、Abstract、Conclusion
• 若 PDF 无法提取文字 → 立即终止，提示 Doctor"PDF 无法提取文字，可能需要 OCR 或人工处理"

Step 2：JARVIS 生成初稿

分类判断：

• 根据论文主题判断所属分类（对应仓库现有目录）
• 若不属于任何现有分类 → 新建目录，命名规范：小写英文，连字符分隔
• 文件命名：英文小写 + 连字符，尽量与原论文标题一致

初稿模板（写入 paper.md）：

markdown

# [论文标题（中英双语）]

**作者：** [Author Names]
**期刊：** [Journal Name, Year]
**DOI：** [https://doi.org/10.xxxx/xxxxx](https://doi.org/10.xxxx/xxxxx)
**arXiv：** [https://arxiv.org/abs/xxxx.xxxxx](https://arxiv.org/abs/xxxx.xxxxx) （如有）
**阅读状态：** ⏳ 待评估
**流程状态：** ①元数据 ✓ | ②初稿 ⏳ | ③评估 ⏳ | ④补充 ⏳ | ⑤索引 ⏳ | ⑥review ⏳ | ⑦提交 ⏳

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## 摘要

### 中文翻译
[Abstract 的中文翻译]

### 原文
> [Original Abstract]

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## 文章总结

### 1. 解决什么问题？
[一句话描述核心问题]

### 2. 用了什么方法论？
[核心方法/框架/技术路线]

### 3. 主要结论是什么？
[关键发现和结果]

---

## 价值评估
⏳ 待 Codex 评估

## 公式与代码梳理
⏳ 待精读补充

## Review Questions
⏳ 待 Kimi Code review

存入路径：<你的论文库路径>/<分类>/<文件名>.md 完成后更新状态标签：②初稿 ✓

Step 3：Codex 价值评估

调用 Codex (codex exec -s workspace-write) 进行评估。

Codex 任务：

1. 读取 paper.md 初稿
2. 阅读仓库 README.md 了解 用户的研究方向
3. 浏览 CODEX_DEEP_READ.md 了解当前论文库结构和价值体系
4. 只输出评估文本，不要直接写文件，不要操作 git

价值判断标准（6 级）：

级别	标准	判定
1	有清晰且令人信服的 idea	精读门槛
2	有简单明了的计算结果	—
3	有强大的预言能力	≥3→精读
4	达到 Editor's Pick 水平	—
5	方法新颖，填补领域空白	—
6	来自顶会/顶刊 + 高引用	加权加分

JARVIS 根据 Codex 输出判断：

粗读（< 级别 3）：

• 将"阅读状态"改为 📖 粗读
• 将 Codex 评价写入"价值评估"小节
• 删除"公式与代码梳理"和"Review Questions"占位符
• 更新状态标签
• 直接跳到 Step 7（commit/push）

精读（≥ 级别 3）：

• 将"阅读状态"改为 🔬 精读
• 将 Codex 评价写入"价值评估"小节
• 更新状态标签：③评估 ✓(精读)
• 进入 Step 4

若已传 --精读 flag：

• 跳过 Codex 评估
• 直接标记为 🔬 精读
• 在"价值评估"写入"用户指定精读"
• 进入 Step 4

Step 4：Codex 精读补充

调用 Codex 进行精读补充。

Codex 任务：

1. 读取 paper.md
2. 详细梳理文章的公式推导（逐公式解释数学逻辑）
3. 梳理涉及的代码/算法流程
4. 只输出补充文本，不要直接写文件，不要操作 git

JARVIS 操作：

• 将 Codex 输出的内容写入 paper.md 的"公式与代码梳理"小节
• 更新状态标签：④补充 ✓

Step 5：JARVIS 更新 CODEX_DEEP_READ.md

默认行为（无 --重排 flag）：

1. 将新精读论文追加到 Tier 3 末尾
2. 检查阅读路线图是否需要微调（新增小点）
3. 更新 token 统计（如有）

若传了 --重排 flag：

1. 全面重新评估所有精读论文的 Tier 1/2/3 排名
2. 重写阅读路线图
3. 更新 token 统计

链接格式：

markdown

N. **论文标题** — 分类
   - 文件：[`path/to/file.md`](path/to/file.md)
   - 数理基础：[简述]
   - 为什么精读：[简述与库内其他论文的关联]

更新状态标签：⑤索引 ✓

Step 6：Kimi Code Review

调用 Kimi Code 参考下方『Kimi Code 调用方式』小节（具体 CLI 参数以你本地工具版本为准）。

Prompt 要求 Kimi Code：

1. 读取新精读文档 paper.md
2. 检查公式推导有无错误
3. 检查代码流程有无逻辑问题
4. 检查语法和 markdown 格式
5. 检查文档逻辑是否连贯
6. 结合现有科研内容，提出 3 个深入问题

Kimi Code 调用方式（参考 TOOLS.md）：

bash

# 1. 写 prompt 到 temp 文件
# 2. 启动 kimi --yolo --add-dir <workspace> (pty:true, background:true)
# 3. paste "请读取 <prompt_file> 并执行"
# 4. send-keys Enter
# 5. poll 监控

Kimi Code 完成后 JARVIS：

• 确认 Review Questions 已追加到文档末尾
• 确认公式/语法问题已修复
• 更新状态标签：⑥review ✓

Step 7：JARVIS 提交

bash

cd ~/agent-workspace/Projects/Papers_matters
git add -A
git commit -m "paper: add <论文简称> (<精读|粗读>)"
git push

更新状态标签：⑦提交 ✓

完成通知：

text

✅ 论文入库完成：《标题》
   📂 分类：<分类>
   📖 状态：<精读/粗读>
   🔗 CODEX_DEEP_READ.md 已更新（精读时）
   📝 <文件路径>

---

⚠️ Codex 关键约束

Codex 在流程中只负责生成文本内容（评估意见、精读补充），不直接操作文件或 git。所有文件写入和 git 操作由 JARVIS 完成。这是因为 Codex sandbox 对 .git 目录有只读限制。

Codex 调用格式：

bash

# 如网络需要代理，先 export HTTP_PROXY/HTTPS_PROXY 环境变量，再调用 && \
codex exec -s workspace-write - < "$PROMPT_FILE"

异常处理

异常	处理
DOI 不可访问	终止 → 提示 Doctor
arXiv API 无响应	终止 → 提示 Doctor
PDF 无法提取文字	终止 → 提示 Doctor
论文已存在	终止 → 提示文件路径
Codex/Kimi Code 调用失败	最多重试 1 次 → 若仍失败，终止并提示 Doctor
流程中断	下次启动读取状态标签，断点续跑

注意

• 所有公式使用 \[...\] display math 格式（GitHub 兼容）
• 每次触发 Skill 先发启动知会给 Doctor
• 精读文档自动进入 CODEX_DEEP_READ.md 索引
• 粗读文档仅存笔记，不进入索引