Bioinformatics Plotting Skill

Provides guidance and tools for creating and selecting over 320 bioinformatics plots on the 微生信/SRplot platform for various omics and clinical data types.

Bioinformatics Plotting Skill (生信绘图)

Overview

This skill provides comprehensive knowledge of bioinformatics data visualization tools and techniques, based on the 微生信/SRplot platform (https://www.bioinformatics.com.cn/).

• Platform: 微生信/SRplot - Free online bioinformatics plotting platform
• Published: PLoS One 2023
• Users: 150,000+
• Templates: 320 plot types and analysis tools
• Usage: Select tool → Upload data → Adjust parameters → Download figure

When to Use This Skill

• User needs to visualize bioinformatics data (RNA-seq, ChIP-seq, genome, clinical, etc.)
• User asks about which plot type to use for their data
• User wants to know how to create a specific bioinformatics figure
• User needs to choose between similar plot types for their analysis
• User is preparing figures for a bioinformatics research paper

Plot Category Decision Guide

text

Data Type → Recommended Plot:
- Differential expression → Volcano plot, Heatmap, MA plot
- Gene expression comparison → Box/Violin plot, Heatmap
- Enrichment results → Bubble plot, Bar plot, Chord diagram
- Survival analysis → KM curve, Forest plot, Nomogram
- Genome distribution → Circos, Manhattan, Chromosome plot
- Sample clustering → PCA, t-SNE, UMAP, Heatmap
- Set overlap → Venn diagram, UpSet plot
- Gene interaction → Network plot, Sankey, Chord
- Time series → Line plot, Area plot, Streamgraph
- Clinical prediction → ROC, TimeROC, Nomogram, Risk score
- Mutation data → Oncoplot, Lollipop, MAF summary
- Single cell → UMAP/t-SNE, Volcano, Feature plot
- Geographic data → China/World/Province map

Complete Plot Catalog

柱状图/条形图 (Bar/Column Charts) — 57 tools

适用场景: 用于比较不同组之间的数值大小，展示频率、计数或比例

中文名	英文关键词	说明	链接
errorbar柱状图	errorbar	免费在线绘制带误差棒的柱状图（bar with errorbar）	在线绘制
误差棒	errorbar	免费在线绘制误差棒图（errorbar）	在线绘制
人口金字塔	population pyramids	免费在线绘制双Y轴两侧条形图（人口金字塔图）	在线绘制
填充柱状图	link fill bar	免费在线绘制带有连线/填充的垂直堆叠柱状图	在线绘制
带bar的饼图	bar of pie	在线绘制带bar的饼图（bar of pie）	在线绘制
漏斗图	funnel	免费在线绘制漏斗图	在线绘制
蝴蝶图	butterfly horizontal bar	在线绘制蝴蝶图（butterfly bar plot）	在线绘制
垂直柱状图	vertical bar	在线绘制基本柱状图，带趋势线	在线绘制
垂直棒棒糖图	vertical lollipop	在线绘制垂直棒棒糖图	在线绘制
水平棒棒糖图	horizontal lollipop	在线绘制水平棒棒糖图	在线绘制
相关系数棒棒糖图	correlation	在线免费线绘制相关系数点线图	在线绘制
极坐标柱状图，疫情图	polar bar	在线绘制极坐标柱状图，疫情图	在线绘制
多组垂直柱状图	bar plot	在线绘制多组柱状图	在线绘制
点状垂直柱状图	dot bar	在线绘制垂直点图	在线绘制
堆叠柱状图	vertical stack bar	免费在线绘制堆叠柱状图	在线绘制
堆叠条形图	horizontal stack bar	在线绘制水平堆叠柱状图	在线绘制
点状水平条形图	dot bar	在线绘制水平点图	在线绘制
子弹图	bullet chart	在线绘制子弹图（bullet chart）	在线绘制
三维柱状图	3D bar	在线绘制基本3D柱状图	在线绘制
底部汇聚柱状图	aggregation bar	在线绘制底部汇聚柱状图图	在线绘制
三维柱状图	3d bar	在线绘制类似房子的三维柱状图，	在线绘制
梯形漏斗图	trapezoid funnel	在线免费绘制梯形漏斗图	在线绘制
双向条形图	bar plot	在线绘制左右双向条形图	在线绘制
多组水平条形图	horizontal bar	在线绘制多组条形图	在线绘制
三角锥柱状图	triangle bar	在线绘制三角锥柱状图	在线绘制
带Y轴截断的柱状图	截断	在线绘制带截断的（多组）柱状图	在线绘制
分类+条形组合图	bar	免费在线绘制二元，三元分类+bar图	在线绘制
双X轴bar和line图	双轴 GO Pathway	免费在线绘制双X轴go，pathway条形图加线图	在线绘制
24小时极坐标bar图	24 hour polar bar	免费在线绘制24小时极坐标bar图	在线绘制
二元矩阵+双侧bar图	matrix bar	在线绘制矩阵+顶部bar+右侧bar图	在线绘制
雪糕柱状图	bar	在线绘制雪糕bar图	在线绘制
铅笔柱状图	pencil bar	在线绘制铅笔柱状图	在线绘制
水平铅笔条形图	pencil bar	在线绘制水平立体感条形图（铅笔图）	在线绘制
带背景的茎叶柱状图	stem bar with background	在线绘制带背景的茎叶柱状图	在线绘制
上下柱状图	up down bar	在线绘制上调、下调双向柱状图	在线绘制
双Y轴柱状图+折线图	dual y bar & line	在线绘制双Y轴柱状图+折线图	在线绘制
曲线连接的填充堆叠柱状图	curve linked stack bar	在线绘制带连线的堆叠柱状图（stack bars）	在线绘制
扇形图，任意角度	fan diagram	在线绘制扇形图	在线绘制
嵌套两组errorbar图	nested errorbar	在线绘制两组嵌套errorbar	在线绘制
带饼图的柱状图	bar pie	在线绘制带饼图的柱状图（bar with pie plot）	在线绘制
2.5d柱状图	bar	在线绘制2.5D bar图，科技感	在线绘制
极坐标柱状图	polar bar	在线绘制多组极坐标柱状图	在线绘制
字母标注bar图，box，小提琴图	sig letter bar box violin	在线绘制带显著字母标注的柱状图，box图和小提琴图	在线绘制
堆叠errorbar	stack errorbar	在线绘制堆叠errorbar图	在线绘制
两组学联合bar+dot图	mRNA atac merip combined bar dot	在线绘制两种组学联合分析条形点图（mRNA vs ATAC/ChIP/MeRIP/质谱等）	在线绘制
双Y轴柱状图	dual y axis bar	在线绘制双Y轴柱状图（bar plot）	在线绘制
渐变条形图	gradient bar	在线绘制p值渐变条形图	在线绘制
多组errorbar图	errorbar	在线绘制多组误差棒比较图	在线绘制
拷贝数变异bar图	CNV gain and loss	在线绘制基因拷贝数变异（CNV）获得（gain）和缺失（loss）频率柱状图	在线绘制
多组堆叠柱状图	group stack bar	在线绘制多组堆叠柱状图	在线绘制
多组errorbar图	group errorbar	在线绘制多组errorbar，带显著性	在线绘制
堆叠柱状图+连线路径	stack bar + links	在线绘制带路径的堆叠柱状图，展示患者状态	在线绘制
双Y轴GO柱状图	dual y go term bar	在线绘制GO BP, CC, MF term百分比，基因数双Y轴bar图	在线绘制
多组极坐标柱状图	multi group polar bar	在线绘制多组极坐标（堆叠）柱状图	在线绘制
水平条形图	horizontal bar	在线绘制水平柱状图、条形图（BP、CC、MF三合一图）	在线绘制
矩形漏斗图	rectangle funnel	在线绘制矩形漏斗图	在线绘制
基因上下调柱状图	gene miRNA regulation	免费在线绘制基因上下调柱状图	在线绘制

饼图/甜甜圈图/树图 (Pie/Donut/Treemap) — 19 tools

适用场景: 用于展示部分与整体的比例关系

中文名	英文关键词	说明	链接
矩阵饼图	pie matrix	免费在线绘制矩阵形式饼图（pie matrix）	在线绘制
华夫饼图	waffle	在线绘制华夫饼图（waffle chart）	在线绘制
treemap	treemap	在线绘制树图（treemap）	在线绘制
甜甜圈图	donut chart	免费在线绘制甜甜圈图（donut）	在线绘制
双层饼图	two layer pie	免费在线绘制双层饼图	在线绘制
圆形比例图	percentage half circle	在线绘制圆形（半圆形）华夫饼图	在线绘制
双层甜甜圈图	two layer donut	免费在线绘制双层甜甜圈图	在线绘制
维诺图	voronoi treemaps	在线绘制维诺图（voronoi treemap）	在线绘制
多类型饼图	轨道图，扇形图	免费在线绘制多类型2D饼图（2D pie）	在线绘制
圆形堆叠图	stack circle	在线绘制circle packing图	在线绘制
图标华夫饼图	icon waffle	在线绘制icon图标华夫饼图（icon waffle chart）	在线绘制
带连线注释的甜甜圈	donut pie	在线绘制带连线注释的饼图、甜甜圈图	在线绘制
大饼拉小饼图	pie	在线绘制大饼拉小饼图（pie of pie）	在线绘制
渐变树图	gradient treemap	在线绘制渐变颜色树图（treemap）	在线绘制
动态旭日图	plotly sunburst	在线python plotly绘制旭日图（sunburst chart）	在线绘制
圆填充图	circle packing	在线绘制单层圆填充图（circle packing）	在线绘制
摩天轮甜甜圈图	ferris_wheel donut	在线绘制摩天轮图展示基因上调，下调（Ferris wheel donut chart）	在线绘制
3D饼图	3D pie	免费在线绘制3D饼图	在线绘制
2D饼图	2D pie	免费在线绘制二维饼图	在线绘制

折线图/面积图 (Line/Area Charts) — 16 tools

适用场景: 用于展示随时间或条件变化的趋势

中文名	英文关键词	说明	链接
成比例面积图	proportional area chart	免费在线绘制圆形，正方形比例面积图（proportional area chart）	在线绘制
两组成比例面积图	proportional circle area	在线绘制两组半圆形比例面积图（proportional area chart）	在线绘制
4组面积图	squre area	免费在线绘制4个正方形一组的比例面积图（proportional area chart）	在线绘制
散点图带倍数变化线	scatter fold change	在线绘制带倍数变化的散点图	在线绘制
一条/多条线图	multi-line	免费在线绘制简单线图	在线绘制
填充线图	filled area	在线绘制填充线图	在线绘制
3D面积图	3D area	在线绘制三维面积图（3D area）	在线绘制
堆叠面积图	stack area	在线绘制堆叠图	在线绘制
堆叠线图	stack line	免费在线绘制堆叠线图	在线绘制
双坐标基因表达图	RNA-seq, PCR, dual Y	在线绘制PCR，RNA-seq双Y坐标图	在线绘制
河流图	streamgraph	免费在线绘制河流图（streamgraph）	在线绘制
排序图	bump chart rank	免费在线绘制排序图（bump rank）	在线绘制
双Y轴折线图	dual y line plot	在线绘制双Y轴折线图	在线绘制
多组数字标记折线图	multi group number marker line	在线绘制多组折线图（数字做为marker点）	在线绘制
平滑线图	smooth line	免费在线绘制平滑点线图	在线绘制
瀑布图	waterfall	免费在线绘制瀑布图（waterfall）	在线绘制

散点图 (Scatter Plots) — 14 tools

适用场景: 用于展示两个连续变量之间的关系

中文名	英文关键词	说明	链接
m6A和表达联合散点图	m6A 甲基化 methylation 表达谱	在线绘制m6A甲基化和表达谱联合分析散点图	在线绘制
分组_回归的散点图	scatter fit group	免费在线绘制带回归的多组数据散点图	在线绘制
散点图	scatter plot R2	在线免费线绘制散点图，带线性拟合，曲线拟合	在线绘制
二元-三元类别图	category plot	免费在线绘制二元，三元分类图	在线绘制
三维散点图（带分类）	3D scatter	免费在线绘制三维散点图（3D scatter）	在线绘制
排序散点图	rank plot with labels	在线绘制带标注的排序图（散点图）	在线绘制
联合分析四象限图	m6A mRNA 多组学	在线绘制组学联合分析四象限图（例如m6A-mRNA，m5C-mRNA，mRNA-蛋白等）	在线绘制
九象限图	nine quadrant	在线绘制组学联合分析9象限图（例如m6A-mRNA，m5C-mRNA，mRNA-蛋白等）	在线绘制
密度散点图	smooth scatter	在线绘制平滑散点图（smooth scatter）图	在线绘制
三元图	ternary	在线绘制三元图	在线绘制
多组配对散点图	multi group paired scatter	在线绘制多组左右配对连线散点图	在线绘制
多颜色散点图	multi color scatter	在线绘制带颜色的多组散点图	在线绘制
四象限图	four quadrant	免费在线绘制四象限散点图	在线绘制
相关系数散点图	pearson spearman coefficient correlation	在线绘制多组数据相关系数散点图	在线绘制

箱线图/小提琴图/分布图 (Box/Violin/Distribution) — 20 tools

适用场景: 用于展示数据分布特征和组间比较

中文名	英文关键词	说明	链接
小提琴图	violin box	免费在线绘制小提琴图（ggviolin）	在线绘制
蜂群图	beeswarm boxplot	免费在线绘制带点的箱体图（beeswarm box）	在线绘制
核密度分布	kernel density	免费在线绘制核密度估计（Kernel density estimation）	在线绘制
QQplot_正态分布	qqplot	免费在线绘制quantile-quantile图（Q-Q plot）	在线绘制
山脊线	ridgeline plot joyplot	免费在线绘制山脊图（ridgeline plot, Joyplot）	在线绘制
带连线的box图	dot line box	在线绘制带有数据点连线的box图	在线绘制
带hist，box的散点图	scatter hist box density	免费在线绘制带边界（density，histogram，boxplot）的散点图	在线绘制
高级小提琴图	violin	免费在线绘制小提琴图，violin plot	在线绘制
箱体图，盒子图	boxplot, box	在线绘制垂直、水平箱体图	在线绘制
水平，垂直小提琴图	violin	免费在线绘制小提琴图（violin plot）	在线绘制
直方图，带拟合	histogram, fit	在线绘制直方图，带拟合	在线绘制
雨云图	raincloud	在线绘制云雨图（raincloud plot）	在线绘制
小提琴图 豆荚图	half violin	在线绘制half violin	在线绘制
带点箱体图	箱体图 box	在线绘制带点，p值的多组box图	在线绘制
高级雨云图	raincloud violin	在线绘制多组雨云图	在线绘制
两组或多组比较box	two groups box	在线绘制两组（或多组）比较box图（cibersort）	在线绘制
多组histogram	multi histogram	在线绘制多个直方图，带拟合	在线绘制
二维密度图	2d density	在线绘制2D密度图，等高线图	在线绘制
多组两两比较beeswarm图	group comparison beewarm	在线绘制两组比较带王字的蜂群图（beeswarm）	在线绘制
任意组比较beeswarm图	group comparison beewarm	在线绘制多组比较带王字的蜂群图（beeswarm）	在线绘制

其他基础图 (Other Basic Charts) — 18 tools

适用场景: 相关系数、词云、雷达图等特殊图表

中文名	英文关键词	说明	链接
相关系数图	correlation, corrplot	在线绘制corrplot相关系数图	在线绘制
哑铃图	dumbbell chart	免费在线绘制哑铃图（dumbbell chart）	在线绘制
气球图_气泡图	ballon plot bubble plot	免费在线绘制气泡图，气球图（ballon plot）	在线绘制
雷达图	radar chart	在线绘制雷达图（radar chart）	在线绘制
茎叶图	stem	在线绘制茎叶图	在线绘制
矩阵点图，气泡图	dot plot	在线绘制矩阵形式的点图（dot plot）	在线绘制
三联体DNA	triplex DNA	在线搜索和绘制三联体DNA（triplex DNA）	在线绘制
metaplot图	MeRIP m6A metaplot	在线绘制MeRIP-seq (m1A, m6A, m5C等）metaplot图	在线绘制
词云，wordcloud	词云，wordcloud	在线绘制词云图（wordcloud），支持中英文	在线绘制
蚊香图，alpha	螺旋 短肽	在线绘制多肽alpha helical wheel和wenxiang图	在线绘制
双重序列比对螺旋图	sparial sequence alignment	在线绘制双重序列比对结果螺旋图	在线绘制
圆形相关系数图	circle correlation pearson	在线绘制圆形相关系数图	在线绘制
样品类型cohort图	cohort	在线绘制样品状态(cohort types)图	在线绘制
相关系数矩阵	correlation corrplot	在线绘制上三角，下三角数值矩阵图（相关系数图）	在线绘制
NCBI ORFfinder结果可视化	orffinder	在线NCBI ORFfinder结果可视化	在线绘制
带显著性标注的相关系数图	correlation pvalue	在线绘制带p值显著性标注的相关系数图，支持行列不同	在线绘制
基因表达雷达图	expression radar	在线绘制基因表达雷达图（gene expression radar chart）	在线绘制
雷达图，蜘蛛图	radar, spider chart	在线绘制任意边雷达图（蜘蛛图）	在线绘制

热图 (Heatmaps) — 23 tools

适用场景: 用于展示矩阵数据的模式，基因表达、样本聚类

中文名	英文关键词	说明	链接
聚类图_热图	cluster heatmap	免费在线绘制聚类图(cluster)，热图(heatmap)	在线绘制
风险得分三联图	risk score	在线绘制ggrisk风险得分三联图（risk score）	在线绘制
圆形聚类图	circular heatmap	免费在线绘制圆形聚类图(circular cluster)	在线绘制
矩阵热图	matrix heatmap	在线绘制矩阵热图（matrix heatmap），相关系数图	在线绘制
SNP连锁不平衡	SNP LDheatmap	在线绘制连锁不平衡（倒）三角热图（LD heatmap）	在线绘制
日历热图	calendar heatmap	在线绘制日历热图（calendar heatmap）	在线绘制
脑区热图	cerebro heatmap brain	在线绘制不同大脑区域热图	在线绘制
三角热图	triangle heatmap	在线绘制相关系数三角热图	在线绘制
带部分基因标注的热图	heatmap cluster gene label	在线绘制带几个基因标注的聚类图(cluster)，热图(heatmap)	在线绘制
带cut的聚类热图	cut heatmap	在线绘制带cut的热图（heatmap）	在线绘制
多分组临床热图	clinical heatmap	在线绘制多分类临床聚类热图(clinical heatmap)	在线绘制
带行列注释条的热图	gap heatmap	在线绘制带gap的热图（heatmap）	在线绘制
表达热图+趋势图	heatmap trend time series	在线绘制热图+趋势	在线绘制
表达热图+趋势图+注释	heatmap trend go pathway	在线绘制热图+趋势+GO或者Pathway等注释组合图	在线绘制
热图+标记	heatmap label text	在线绘制带标注的聚类热图（heatmap）	在线绘制
热图+bar图组合	heatmap bar	在线绘制热图+条形图	在线绘制
左右双侧组合热图	heatmap	在线绘制左右组合热图	在线绘制
点棒热图	dot bar heatmap	在线绘制点棒热图	在线绘制
染色体密度+标记	ideogram heatmap marker	在线绘制human hg38染色体密度+marker标记图）	在线绘制
相关系数圆形圈图	correlation heatmap	在线绘制相关系数渐变圈图	在线绘制
圆圈，三角热图	special shape heatmap	在线绘制特殊形状（圆形，三角形，菱形，五边形，六边形，椭圆）聚类热图	在线绘制
热图+桑基图	heatmap sankey diagram	在线绘制热图桑基组合图（heatmap+sankey diagram）	在线绘制
配受体对互作热图	ligand receptor interaction heatmap	在线绘制受体配体对互作热图（ligand-receptor heatmap with links）	在线绘制

火山图 (Volcano Plots) — 11 tools

适用场景: 用于展示差异表达基因的fold change和显著性

中文名	英文关键词	说明	链接
带基因标注的火山图	volcano plot	免费在线绘制带标注的增强火山图	在线绘制
渐变火山图	gradient volcano plot	在线绘制渐变火山图	在线绘制
带基因标注的双火山图	two linked volcano plot	在线绘制带共同基因标注的双火山图	在线绘制
代谢火山图	vip volcano plot	在线绘制带vip的代谢火山图	在线绘制
双曲线火山图	volcano plot	在线绘制双曲线火山图	在线绘制
单细胞cluster火山图	scRNA cluster volcano plot	在线绘制单细胞多cluster火山图	在线绘制
双色，四色火山图	volcano plot	在线绘制两种颜色或者四种颜色的火山图	在线绘制
单细胞marker火山图	scRNA-seq marker volcano	在线绘制单细胞marker基因火山图by scRNAtoolVis	在线绘制
单细胞火山图	scRNA-seq volcano	在线绘制单细胞火山图，极坐标火山图 by scRNAtoolVis	在线绘制
多类别点标注火山图	multi-colored volcano	在线绘制多类别标注火山图	在线绘制
三颜色火山图	volcano plot	在线绘制三颜色火山图（volcano plot）	在线绘制

富集分析图 (Enrichment Analysis) — 31 tools

适用场景: 用于GO/KEGG/GSEA功能富集分析结果可视化

中文名	英文关键词	说明	链接
富集气泡图	enrichment dot bubble	在线绘制GO，Pathway富集结果气泡图	在线绘制
BP,CC,MF三合一	enrichement GO term	免费在线绘制富集GO term BP, CC, MF三合一柱状图	在线绘制
GO_Pathway弦图	Gene Ontology, chord	在线绘制GO弦图（chord）	在线绘制
GSEA基因集富集分析	gsea gene set genesets	在线任意物种，任意基因集富集分析（gene set enrichment analysis，GSEA）绘图	在线绘制
pathway加颜色	KEGG pathway map pathview	Pathview在线渲染KEGG pathway map	在线绘制
多类型气泡图	气泡图 go pathway	在线绘制多分类GO，Pathway富集结果气泡图	在线绘制
GO,KEGG点线图	GO BP CC MF KEGG	在线绘制GO,KEGG富集条形带点图	在线绘制
富集桑基图_气泡图	sankey dot pathway enrichment	在线绘制GO，pathway富集结果桑基气泡图	在线绘制
pathway分类汇总图	kegg pathway	免费在线绘制pathway富集结果分类图	在线绘制
GO_Pathway富集圈图	enrichment circle	在线绘制GO，pathway富集结果圆形图	在线绘制
GSEA_GSVA双向条形图	GSEA GSVA	在线绘制GSEA，GSVA双向bar图	在线绘制
GO circle	GO圈图	在线绘制GO circle图	在线绘制
富集分析cnet图	enrichment cnetplot	在线绘制clusterprofiler go kegg富集分析cnet图	在线绘制
GOcluster圈图	gocluster goplot	在线绘制GO cluster图	在线绘制
BP,CC,MF三合一	GO三合一图	在线绘制GO BP CC MF三合一双侧条形图	在线绘制
KEGG pathway二级分类汇总	kegg pathway	在线绘制KEGG pathway富集结果二级分类汇总图	在线绘制
GSEA网络图	gsea geneset network	在线绘制clusterprofiler GSEA结果网络图，aPEAR包	在线绘制
gsea标记基因	gsea gene	在线绘制带标注基因的GSEA图，GseaVis	在线绘制
BP,CC,MF三合一	go bp cc mf bars	在线绘制GO富集条形图，带背景，标基因数	在线绘制
带基因名的富集条形图	kegg enrichment go gene bar	GO,Pthway富集分析条形图加基因	在线绘制
水平分面气泡图	bubble plot	在线绘制GO，Pathway富集结果气泡图水平分面	在线绘制
气泡图	enrichment dot	在线绘制富集气泡图，文字标注在气泡上	在线绘制
GSEA NES柱状图+FDR点图	GSEA NES FDR bar dot	在线绘制GSEA NES FDR组合bar dot图	在线绘制
emapplot网络图	emapplot	在线绘制clusterprofiler go kegg富集分析emap图	在线绘制
高级富集bar图	enrichment bar	在线绘制高级富集分析条形图	在线绘制
stamp差异bar图	stamp differences	在线绘制STAMP差异分析条形+置信区间图	在线绘制
富集分析彗星图	enrichment comet plot	在线绘制富集分析结果彗星图（comet plot）	在线绘制
GSEA富集山峦图	GSEA NES ridge plot	在线绘制GSEA富集分析山峦图	在线绘制
GO气泡图	GO bubble	在线绘制GOplot GO气泡图（GO bubble）	在线绘制
通路影响气泡图	pathway impact dot plot	在线绘制代谢组学pathway impact vs p值气泡图	在线绘制
带颜色富集条形图	bar with color gredient	在线绘制以p/FDR为颜色梯度的条形图	在线绘制

韦恩图/文氏图 (Venn Diagrams) — 10 tools

适用场景: 用于展示多个集合之间的交集和并集

中文名	英文关键词	说明	链接
4/5/6/7元文恩图	venn diagram	在线绘制4个、5个、6个、7个数据集的venn图	在线绘制
峰重叠文氏图	peak overlap, venn diagram	免费在线绘制基因组区（peaks）重叠venn图	在线绘制
多类型文氏图	vennerable	免费在线绘制ChowRuskey venn图	在线绘制
网络venn图	network venn diagram	在线绘制网络venn图	在线绘制
2,3,4,5文氏图	venn diagram, euler	在线绘制2,3,4,5个数据集的文氏图（venn diagram）	在线绘制
文恩图+条形图	venn bar	在线绘制两个数据集的venn+bar图	在线绘制
饼图+弧venn图	pie arc venn	在线绘制饼图+弧线 venn图	在线绘制
垂直两圆文恩图	vertical venn diagram	在线绘制垂直双圆venn图（vertical venn diagram）	在线绘制
成比例面积文氏图	proportional venn diagram	免费在线绘制2个或3个圈的成面积比例venn图	在线绘制
upsetR	upsetR set	Error	在线绘制

基因组图 (Genome/Mutation) — 21 tools

适用场景: 用于基因组位置、突变、染色体分布可视化

中文名	英文关键词	说明	链接
染色体分布图	peak chromosome distribution	在线绘制上调，下调peak染色体分布图	在线绘制
双通道circos柱状图	2 tracks circos histogram	免费在线绘制两个track的circos柱状图	在线绘制
花瓣图	flower plot	免费在线绘制花瓣图（flower plot）	在线绘制
motif_logo	DNA RNA 氨基酸	在线motifStack绘制DNA,RNA,Protein motif logo	在线绘制
峰染色体分布图	ideogram chromosome	在线绘制peak染色体分布图（chromosome ideogram plot）	在线绘制
UPGMA聚类	微生物多样性	UPGMA聚类	在线绘制
SNP密度图	SNP density	在线绘制SNP密度（snp density）by CMplot	在线绘制
片段染色体分布图	SNP chromosome distribution	在线绘制不带着丝粒的简单基因组位点染色体分布图	在线绘制
片段染色体分布图-着丝粒	SNP chromosome distribution	在线绘制带着丝粒的简单基因组位点染色体分布图	在线绘制
曼哈顿图	Manhattan plot	在线绘制曼哈顿图（Manhattan plot）by CMplot	在线绘制
物种累积曲线	species accumulation curves	免费在线绘制物种累积曲线（Species accumulation curves）	在线绘制
MAF突变汇总图	MAF summary plot	在线绘制MAF突变注释汇总图	在线绘制
MAF突变瀑布图	oncoplot	在线绘制MAF突变注释瀑布图	在线绘制
物种稀释曲线	species rare curve	免费在线绘制物种稀释曲线（Species rarecurve）	在线绘制
带基因名的Rcircos图	Rcircos 染色体 基因	在线绘制Rcircos染色体基因名circos图	在线绘制
融合基因circos图	fusion genes	在线绘制circlize融合基因circos图	在线绘制
homer motif结果散点图	homer motif scatter	在线绘制homer motif结果散点图	在线绘制
突变棒棒糖图	lollipop mutation	在线棒棒糖蛋白质突变图（lollipop mutation diagram）	在线绘制
花瓣图	flower petal plot	在线绘制花瓣图（polar area diagram）	在线绘制
染色体+bar组合图	chromosome bar	在线绘制染色体+bar组合图	在线绘制
进化树，树状图	dendrogram tree	在线绘制dendrogram图	在线绘制

降维分析图 (Dimensionality Reduction) — 8 tools

适用场景: 用于高维数据的降维和聚类可视化

中文名	英文关键词	说明	链接
主成分分析	principal components analysis	在线绘制主成分分析图（Principal component analysis，PCA）	在线绘制
PCA主成分分析	PCA factor	免费在线绘制主成分分析图（Principal components analysis，PCA）	在线绘制
三维PCA	3d pca	在线绘制3D PCA图	在线绘制
t-SNE降维	t-SNE	在线t-SNE（t-Distributed Stochastic Neighbor Embedding）降维、可视化	在线绘制
UMAP降维可视化	umap	在线UMAP（uniform manifold approximate projection）降维、可视化	在线绘制
主坐标分析PCoA	pcoa	在线绘制主坐标分析PCoA降维图	在线绘制
非度量多维排列NMDS	nmds	在线绘制非度量多维排列NMDS降维图	在线绘制
PCA分析（三重复）	PCA convex hull	在线绘制支持组内三重复的凸包主成分分析图（Principal component analysis，PCA）	在线绘制

临床图 (Clinical Plots) — 9 tools

适用场景: 用于生存分析、ROC、风险模型等临床研究

中文名	英文关键词	说明	链接
KM生存曲线	KM survival curve	免费在线绘制Kaplan Meier(KM)生存曲线	在线绘制
森林图	forest plot hazard ratio	在线绘制森林图（forest plot）	在线绘制
ROC曲线	ROC曲线 AUC	在线绘制ROC曲线	在线绘制
时间依赖的ROC	timeROC ROC	在线绘制timeROC	在线绘制
最佳cutoff生存曲线	best cutoff kmplot	在线绘制最佳cutoff Kaplan Meier(KM)生存曲线	在线绘制
临床信息甜甜圈矩阵图	clinical donut matrix	在线绘制临床多组分类甜甜圈矩阵图	在线绘制
基因排序图	gene rank	在线绘制基因排序图	在线绘制
肿瘤亚克隆鱼图	tumor subclone fishplot	在线绘制肿瘤克隆进化鱼图（fishplot）	在线绘制
临床预测模型列线图	nomogram calibration	在线绘制临床生存列线图（clinical nomogram）	在线绘制

网络图/关系图 (Network/Relationship) — 15 tools

适用场景: 用于展示基因、蛋白、通路之间的相互作用关系

中文名	英文关键词	说明	链接
环状RNA-miRNA图	circRNA miRNA circle	在线绘制circRNA - miRNA结合圆形图	在线绘制
多层圆形网络图	circle network	在线绘制多层从属关系（GO，pathway，物种等）圆圈网络图	在线绘制
基因表达连线图	connection PCR RNA-seq	免费在线绘制PCR基因表达连线图	在线绘制
时序分析，cluster	mfuzz time series	Mfuzz时间序列聚类	在线绘制
左右连线图，直线，弧线	arc link,line link	在线绘制左右两列弧线图	在线绘制
桑基图	sankey diagram	在线绘制桑基图（sankey diagram）	在线绘制
弦图	chord diagram	在线绘制弦图（chord diagram）	在线绘制
圆形跑道图	circle track	在线绘制跑道图（circle track）	在线绘制
miRNA-靶基因网络	miRNA target network	在线绘制miRNA靶基因网络图	在线绘制
相关系数网络图	correlation network	在线绘制相关系数网络图（correlation network）	在线绘制
mantel相关性网络	mantel correlation network	在线绘制mantel相关性网络图	在线绘制
两列桑基图	sankey colorbar	在线绘制右侧为颜色渐变的两列桑基图（sankey diagram）	在线绘制
边捆绑图	edge bundle	在线绘制edge bundle圈图	在线绘制
带权重的桑基图	weighted sankey diagram	在线绘制带权重的桑基图（weighted sankey diagram）	在线绘制
冲积图，ceRNA	alluvial ceRNA	免费在线绘制冲积图（alluvial plot）	在线绘制

地图 (Maps) — 28 tools

适用场景: 用于地理空间数据可视化

中文名	英文关键词	说明	链接
湖南地图_疫情图	Hunan map	在线绘制中国湖南省地图（疫情图，热图）	在线绘制
上海市地图，疫情图	shanghai map	在线绘制中国上海市地图（疫情图，热图）	在线绘制
四川省地图，疫情图	sichuan map	在线绘制中国四川省地图（疫情图，热图）	在线绘制
江苏省地图 疫情图	jiangsu map	在线绘制中国江苏省地图（疫情图，热图）	在线绘制
安徽省地图 疫情图	anhui map	在线绘制中国安徽省地图（疫情图，热图）	在线绘制
世界地图 疫情图	world heatmap	免费在线绘制世界地图（疫情图）	在线绘制
浙江省地图，疫情图	zhejiang map	在线绘制中国浙江省地图（疫情图，热图）	在线绘制
广东省地图，疫情图	guangdong map	在线绘制中国广东省地图（疫情图，热图）	在线绘制
吉林省地图_疫情图	jilin map	在线绘制中国吉林省地图（疫情图，热图）	在线绘制
陕西省地图_疫情图	shaanxi map	在线绘制中国陕西省地图（疫情图，热图）	在线绘制
山西省地图，疫情图	shanxi map	在线绘制中国山西省地图（疫情图，热图）	在线绘制
福建省地图_疫情图	fujian map	在线绘制中国福建省地图（疫情图，热图）	在线绘制
河北省地图_疫情图	hebei map	在线绘制中国河北省地图（疫情图，热图）	在线绘制
湖北省地图，疫情图	hubei map	在线绘制中国湖北省地图（疫情图，热图）	在线绘制
贵州省地图，疫情图	guizhou map	在线绘制中国贵州省地图（疫情图，热图）	在线绘制
河南省地图，疫情图	henan map	在线绘制中国河南省地图（疫情图，热图）	在线绘制
山东省地图，疫情图	shandong map	在线绘制中国山东省地图（疫情图，热图）	在线绘制
甘肃省地图，疫情图	gansu map	在线绘制中国甘肃省地图（疫情图，热图）	在线绘制
宁夏地图，疫情图	ningxia map	在线绘制中国宁夏回族自治区地图（疫情图，热图）	在线绘制
广西地图，疫情图	guangxi map	在线绘制中国广西壮族自治区地图（疫情图，热图）	在线绘制
江西省地图	jiangxi map	在线绘制中国江西省地图（疫情图，热图）	在线绘制
带散点的世界地图	world map distribution	在线绘制带散点的世界地图（world map with scatter）	在线绘制
带散点的中国地图	china map distribution	在线绘制带散点的中国地图（china map with scatter）	在线绘制
饼图散点世界地图	pie scatter world map	在线绘制带饼图比例散点的世界地图（world map with pie scatter）	在线绘制
饼图散点中国地图	china map pie	在线绘制带饼图比例散点的中国地图（china map with pie scatter）	在线绘制
美国地图	usa american map	在线绘制带颜色梯度的美国地图	在线绘制
辽宁省地图	liaoning map	在线绘制中国辽宁省地图（疫情图，热图）	在线绘制
中国地图，疫情图	China map, epidemic heatmap	免费在线绘制中国地图（疫情图）	在线绘制

单细胞图 (Single Cell) — 2 tools

适用场景: 用于单细胞RNA-seq数据的可视化

中文名	英文关键词	说明	链接
单细胞umap，tsne降维	scRNA umap tsne	在线绘制单细胞转录组UMAP，tsne降维图	在线绘制
单细胞umap，tsne降维	scRNA umap tsne dimplot	使用seurat dimplot在线绘制单细胞转录组UMAP，tsne降维图	在线绘制

分析工具 (Analysis Tools) — 18 tools

适用场景: 差异分析、富集分析、特征选择等计算工具

中文名	英文关键词	说明	链接
GO_KEGG富集分析	go kegg pathway enrichment	在线GO，KEGG pathway富集分析	在线绘制
miRanda_miRNA靶基因预测	miRNA target prediction	miRanda在线预测miRNA-mRNA，miRNA-circRNA，miRNA-lncRNA结合	在线绘制
KEGG任意物种通路富集分析	kegg pathway enrichment analysis	在线KEGG数据库任意物种（鸟类，鱼类，昆虫，细菌，真菌，植物，病毒等）通路富集分析	在线绘制
同源基因	homologene	免费在线批量查询不同物种的同源基因	在线绘制
lasso cox回归模型	lasso cox regression	在线LASSO Cox回归模型进行特征基因筛选（glmnet R包）	在线绘制
xgboost基因特征筛选	xgboost feature selection	在线xgboost机器学习算法进行特征基因筛选	在线绘制
富集峰注释	peak annotation, chipseq, atac	在线chipseq, atac-seq等基因组区域peak chipseeker注释	在线绘制
cibersort免疫浸润	cibersort	在线human mouse cibersort免疫浸润分析	在线绘制
基因集变异分析	gene set variation analysis	在线基因集变异分析（GSVA）	在线绘制
PPI网络图	network graph	在线绘制蛋白质-蛋白质相互作用网络（PPI network）	在线绘制
TCGA泛癌配对box图	TCGA pan-cancer paired box	在线TCGA泛癌基因表达配对肿瘤vs正常box图	在线绘制
SVM-RFE特征选择	svm-rfe featue selection	在线SVM-RFE机器学习算法进行两组分类的特征筛选	在线绘制
非模式生物GO，KEGG富集分析	non-model organism GO KEGG	非模式生物在线GO，KEGG pathway富集分析	在线绘制
随机森林生存特征提取	random forest feature selection	在线随机森林（random forest）进行特征基因筛选	在线绘制
TCGA泛癌MSI	TCGA pan-cancer MSI	Error	在线绘制
TCGA泛癌表达	TCGA expression	在线TCGA泛癌基因表达肿瘤box图	在线绘制
TCGA泛癌box图	TCGA pan-cancer box	在线TCGA泛癌基因表达肿瘤vs正常box图	在线绘制
TCGA表达与TMB	tpm tmb correlation	在线TCGA泛癌基因表达与肿瘤突变负荷（TMB）相关性雷达图	在线绘制

Key R Packages Used

Package	Used For	Plot Examples
ggplot2	General plotting	Most plots
clusterProfiler	GO/KEGG enrichment	Enrichment bubble, cnetplot
ComplexHeatmap	Advanced heatmaps	Clinical heatmap, annotated heatmap
EnhancedVolcano	Volcano plots	Labeled volcano
CMplot	SNP/Manhattan	Manhattan, SNP density
pathview	KEGG pathway coloring	Pathway with gene colors
Rcircos/circlize	Circos plots	Chromosome circos
survminer	Survival curves	KM survival
timeROC	Time-dependent ROC	TimeROC
maftools	MAF mutation	Oncoplot, MAF summary
ggbiplot	PCA biplot	PCA plot
Rtsne/umap	Dimensionality reduction	t-SNE, UMAP
Mfuzz	Time-series clustering	Soft clustering
GOplot	GO visualization	GO chord, GOcluster
LDheatmap	Linkage disequilibrium	LD heatmap
igraph	Network graphs	PPI network
corrplot	Correlation matrices	Correlation plot
cibersort	Immune deconvolution	Immune infiltration
ggpubr	Publication-ready plots	Box with stats
plotly	Interactive plots	Sunburst

Workflow Guides

RNA-seq Differential Expression Workflow

1. DESeq2/limma差异分析 (tool) → 差异基因列表
2. 火山图 (volcano) → 展示差异倍数和显著性
3. 聚类热图 (heatmap) → 展示差异基因表达模式
4. GO/KEGG富集分析 (tool) → 功能注释
5. 富集气泡图/弦图 (enrichment) → 富集结果可视化

Clinical Prognosis Workflow

1. 单因素/多因素Cox → 筛选预后基因
2. Lasso Cox回归 (tool) → 特征选择
3. 风险得分三联图 (clinical) → 风险模型展示
4. KM生存曲线 (clinical) → 生存分析
5. 时间依赖ROC (clinical) → 模型评估
6. 列线图 (clinical) → 临床预测模型

Tumor Mutation Workflow

1. MAF突变汇总图 → 突变概览
2. MAF突变瀑布图 → 样本突变详情
3. 突变棒棒糖图 → 蛋白结构上的突变位置
4. SNP连锁不平衡 → LD分析
5. 曼哈顿图 → GWAS结果

Single Cell Workflow

1. PCA降维 → 初始降维
2. UMAP/t-SNE → 细胞聚类可视化
3. 单细胞marker火山图 → marker基因筛选
4. 单细胞cluster火山图 → cluster间差异分析

Enrichment Analysis Workflow

1. GO/KEGG富集分析 (tool) → 获取富集结果
2. 富集气泡图 → 富集程度和基因数
3. BP,CC,MF三合一 → GO三大类对比
4. GO弦图 → 基因-term关系
5. KEGG pathway (pathview) → 通路图上标注基因
6. GSEA → 基因集富集分析

Data Format Requirements

Most tools accept tab-separated text files with:

• Row 1: Column headers
• Column 1: Gene/feature names
• Subsequent columns: Values

Specific requirements per plot type:

• Heatmap: Matrix (genes × samples), optional annotation columns
• Volcano: log2FoldChange, pvalue, gene names
• Venn: Gene lists (one per set)
• Enrichment: GO/KEGG results (term, pvalue, gene count)
• Survival: Time, event, group
• PCA/UMAP: Expression matrix
• Network: Edge list or adjacency matrix

Platform URL Patterns

• Plot tools: https://www.bioinformatics.com.cn/plot_basic_{name}_{number}
• Analysis tools: https://www.bioinformatics.com.cn/basic_{name}_{number}
• Tool IDs: _t0{xx} suffix indicates analysis tool (not just plotting)
• Number suffix is unique per tool (e.g., _081, _046)

Citation

Tao X, et al. SRplot: A free online platform for data visualization and graphing. PLoS One. 2023;18(11):e0294239.