#research #project-management #zotero #obsidian

科研工作区 (research-ops)

科研项目工作区通用方法论（跨项目 / 跨机，零项目专有路径）。把「本地文件 + Zotero + Obsidian + 飞书」四层按「每类内容一个真源」组织：项目 ID 命名、本地目录模板（README/STATE/scripts/data/results/output + chats + buffer）、组级 INDEX 登记表、跨机同步纪律、同步操作「双端确认」。当用户要"新建/整理科研项目、搭建组目录、登记项目索引、把项目映射到 Zotero/Obsidian/飞书、导出对话存档、处理 buffer、检查跨机同步"时使用。本 skill 只给通用规则与参数化脚本；具体组名/路径/collection/文件夹由各项目 AGENTS.md 特化（见 §8）。

TOMUIV@tomuiv

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openclaw skills install @tomuiv/research-ops

research-ops — 科研项目工作区通用方法论

本 skill 只给通用规则 + 参数化脚本，零项目专有路径。 具体「组名 / 本地路径 / Zotero collection / Obsidian 文件夹 / 飞书文件夹 / 同步端点」一律由各项目的 AGENTS.md 特化（§8）。配合：obsidian-ops（笔记）、zotero-ops（文献）、lark-*（飞书）。

1. 四层真源模型（SSOT：每类内容只有一个真源）

内容	真源工具	组织维度
论文 / 引用	Zotero（→ `zotero-ops`）	collection = 组/项目
笔记 / 组会 / 想法	Obsidian（→ `obsidian-ops`）	文件夹 = 组/项目
共享 / 交付（脱敏）	飞书云文档（→ `lark-drive`/`lark-doc`/`lark-base`）	文件夹 = 组/项目
代码 / 原始数据 / 产物	本地文件	`<组根>/…`
项目索引	本地 `INDEX.md`	组级

流动规则：跨工具只单向派生——Zotero→Obsidian；本地→飞书。原始/敏感数据永不出本地。

2. 项目身份（ID）

<组码>-<项目slug>，例：als-intronic、jl-cadgen。四处命名对齐（Zotero collection / Obsidian 文件夹 / 飞书文件夹 / 本地目录）。

3. 本地目录模板

text

<组根>/
├── AGENTS.md              # ★ 特化：本组映射（§8）
├── INDEX.md               # ★ 登记表（§4）
├── projects/<项目>/       # 或小项目平铺在组根，用 INDEX 登记
│   ├── README.md  STATE.md    # 是什么 / ★当前基线
│   ├── scripts/ data/ results/ output/   # （非 git 项目 output/versions/<时间戳>/ 快照）
│   ├── handoff/               # 每轮交接单（人机协作）
│   ├── tmp/                   # 仅临时中间件；用完即清
│   └── chats/                 # 会话存档（也可放组根）
├── shared/                    # 跨项目只读（★ registry/ = 唯一事实源，可写）
├── archive/
├── buffer/                    # ★ 扁平：人 ⇄ AI 文件直接放这里（无 inbox/outbox）
├── chats/
└── .trash/                    # 软删除（压缩包 + _index.json；见 project-organization §六）

STATE.md = 当前基线（AI 接手先读，只写"现在以什么为准"）。
删除走 .trash/ 软删除；硬删前按全局 AGENTS「文件删除铁律」列清单并确认。

4. 组级 INDEX.md（登记表）

项目ID	本地目录	Zotero collection	Obsidian 笔记夹	飞书文件夹
`jl-cadgen`	`CAD-Generation/`	`JiaLi/CAD-Generation`	`Jia Li/CAD-Generation/`	…

机器可读版可选：research.config.json（组根），脚本读它以免参数散落。

5. buffer 协议（人 ⇄ AI 的唯一交换口）

值钱在哪：用户不用学任何东西——丢文件 + 说一句「读取 buffer」即可；双向 · 可追溯 · 不硬删。越简单越好。

用户把文件丢进 buffer/（扁平）；
对 AI 说「读取 buffer」→ AI 列清单 + 归属方案（源→目标）；
等用户确认（移动铁律）；
确认后归位、记账；AI 的交付物也放 buffer/。

三条硬规则：① TTL 2 天 = 强制清理（超期一律清掉；buffer 只做中转）；② buffer 里每项必须在 projects/（或 shared//archive/）有归宿（不当唯一副本）；③ 同一交付物只留最新一版（旧版自动进暂存；buffer.py tidy --apply）。

6. chats 协议（对话存档）

opencode export <ses_id> > chats/<YYYYMMDD>_<主题>.json
opencode.db 本身（本机数十 GB）永不进同步、永不迁移——只沉淀导出的存档。

7. 跨机同步纪律（不同同步方式 + 双端确认）

内容	同步方式	库/端点
本地文件	Syncthing	各机 `THU` 等文件夹
笔记	Obsidian LiveSync	自建 CouchDB 库
文献	Zotero 同步（可自建，如 altero）	服务端 URL

铁律：

一个文件只走一条同步管道（opencode.db、Obsidian vault 都不进 Syncthing）。
同步类操作要「双端确认」：本地端 + 远端（NAS）各查一次，别只看一端。
脚本禁止写死绝对路径（换机失效）；路径/端点由参数或项目 AGENTS.md 提供。
涉及远端访问一律走 ssh-mesh（mesh_run.py），不自拼 ssh。

8. 特化机制（各项目 `AGENTS.md` 写什么）

通用规则在本 skill；本组的"值"写在项目 AGENTS.md。模板：

markdown

## 科研工作区特化（research-ops）
- 组码：<als | jl>
- 组根：<本地路径>
- 项目索引：本目录 INDEX.md
- 适用通用 skill：research-ops / obsidian-ops / zotero-ops（飞书走 lark-*）
- 映射：见 INDEX.md（项目ID ↔ Zotero collection ↔ Obsidian 文件夹 ↔ 飞书文件夹）
- 同步：本地 Syncthing 文件夹=<名>；笔记 LiveSync 库=<db>；文献同步=<URL>
- 会话入口：本 AGENTS.md → INDEX.md → 目标项目 AGENTS.md → STATE.md

9. 脚本

scripts/new_subproject.py

用途：在任意组根下新建子项目骨架（README/STATE/各目录/chats），可选登记进 INDEX。

参数	说明	必填
`--root DIR`	组根或 `projects/` 父目录（显式传入，零硬编码）	✅
`--name SLUG`	项目 slug	✅
`--title`	人类可读标题（写进 README/STATE）	否
`--in-projects`	放到 `<root>/projects/<name>/`（默认直接放 `<root>/<name>/`）	否
`--force` / `--dry-run`	复用已存在 / 只预演	否
示例：`python scripts/new_subproject.py --root <组根> --name agent-ppt --in-projects`
输出：`{"status":"ok","project":...,"created":[...]}`

scripts/doctor.py

用途：检查一个组根是否符合本规范（缺 README/STATE、根目录散落物、缓冲非空、INDEX 缺失）。

参数	说明	必填
`--root DIR`	组根	✅
`--strict`	有 high 级发现则退出码 1	否
示例：`python scripts/doctor.py --root <组根>`
输出：`{"status":"ok","summary":{...},"issues":[...]}`