strain identification

Automates strain identification by parsing sequencing files, performing NCBI BLAST alignment, generating DingTalk table data, and creating Word identificatio...

Strain Identification BLAST Skill

菌种鉴定自动化工具：解析测序SEQ/FASTA文件 → 在线NCBI BLAST比对 → 生成钉钉表格数据 → 自动生成Word鉴定报告

功能

• 支持解析 .seq / .fasta 格式的测序文件
• 自动调用 NCBI 在线 BLAST 进行序列比对
• 生成可直接填入钉钉表格的结构化结果
• 基于 Word 模板自动生成菌种鉴定报告

使用方法

触发指令示例：

处理测序文件 [文件路径]，使用模板 [模板路径] 生成鉴定报告，并输出钉钉表格数据

参数说明

参数名	类型	描述
file_path	string	测序文件（.seq/.fasta）的本地路径
report_template	string	Word 报告模板的本地路径

依赖

• biopython>=1.81
• python-docx>=0.8.11
• requests>=2.31.0

注意事项

1. 测序文件建议命名为「样品编号.seq」，便于自动提取样品ID
2. Word 模板中需使用变量标识：{样品编号}、{鉴定菌种}、{相似度}、{覆盖度}、{登录号}、{鉴定时间}、{鉴定结论}
3. 依赖会在 Skill 安装时自动下载，无需手动安装