DuIvyTools Skills

DuIvyTools (dit) 命令行工具使用指南。当 Agent 需要使用 DuIvyTools 但不清楚命令用法时调用。功能覆盖：(1) XVG 数据可视化 - RMSD、RMSF、能量、氢键、回转半径等；(2) XPM 矩阵可视化 - DCCM、FEL、DSSP 二级结构热图；(3) NDX 索引文件操作...

Security Scan

The skill is an instruction-only help/reference for the DuIvyTools CLI and its requirements, instructions, and artifacts are coherent with that purpose.

Purpose & Capability

Name/description describe a CLI helper for DuIvyTools (GROMACS analysis) and the included SKILL.md, commands-reference.md and examples.md align with that purpose. Declared requirements (none) match an instruction-only help skill.

Instruction Scope

The SKILL.md only provides usage guidance, example commands, and advises running `dit <command> -h`. It does not instruct the agent to read unrelated system files, access environment secrets, or transmit data to external endpoints beyond referencing upstream project links.

Install Mechanism

This is instruction-only (no install spec). The documentation recommends installing from PyPI via `pip install DuIvyTools`, which is a standard install path for a Python CLI; no arbitrary download URLs or extract steps are present in the skill bundle.

Credentials

The skill declares no required environment variables, credentials, or config paths. The runtime instructions do not reference secrets or unrelated credentials.

Persistence & Privilege

Skill flags use defaults (always:false, autonomous invocation allowed). Nothing requests permanent elevated presence or modification of other skills or system-wide settings.

Assessment

This skill is a documentation/help pack for the DuIvyTools CLI and appears internally consistent. Before installing/using the underlying DuIvyTools package: prefer installing in a virtualenv, verify the package on PyPI and the linked GitHub repo (review recent activity and releases), and inspect the installed package if you need higher assurance. Avoid running arbitrary scripts from untrusted sources and follow the SKILL.md advice to run `dit <command> -h` to see exact flags before executing commands that process your data.

DuIvyTools (DIT)

重要：使用前务必查看命令帮助

DuIvyTools 持续开发中。务必先运行 dit <command> -h 获取该命令最准确、最新的参数信息。

DuIvyTools 是一个命令行工具，用于分析和可视化 GROMACS 分子动力学模拟结果。它提供约 30 个命令，用于处理 XVG、XPM、NDX 等常见的 GROMACS 输出文件。

快速入门

安装

pip install DuIvyTools

或使用清华镜像（国内更快）：

pip install DuIvyTools -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple

验证安装

dit

获取帮助

dit                    # 所有可用命令
dit -h                 # 全局参数
dit xvg_show -h        # 特定命令帮助（务必先执行此操作！）

核心概念

单位与数据转换

• GROMACS 默认单位：时间 = ps，距离 = nm，能量 = kJ/mol
• 默认不转换单位：除非用户明确要求，否则保留原始单位
• 转换时：必须同时更新数据和坐标轴标签

列与行索引

• 列索引：从 0 开始（0 = 第一列）
• 行索引：从 0 开始（0 = 第一行）
• 原子索引（NDX）：从 1 开始（GROMACS 惯例）
• 范围：左闭右开（如 1-7 表示第 1 至第 6 列）

XPM 数据类型

• 离散型（Discrete）：如 DSSP，每个像素代表一个离散状态
• 连续型（Continuous）：如 DCCM、FEL，每个像素代表一个连续值
• xpm_diff：仅适用于连续型，不适用于 DSSP 等离散型

命令列表

XVG 命令（数据可视化）

命令	功能说明
xvg_show	显示 XVG 数据，自动解析图例和坐标轴
xvg_compare	比较多个 XVG 文件，支持灵活的列选择
xvg_ave	计算每列的平均值、标准差、标准误
xvg_show_distribution	显示数据分布（直方图/PDF/CDF）
xvg_show_stack	绘制堆积面积图
xvg_show_scatter	绘制 2D 或 3D 散点图
xvg_box_compare	使用小提琴图和散点图比较分布
xvg_combine	将多个 XVG 文件的数据合并为一个
xvg_ave_bar	计算并显示平行实验的平均值
xvg_rama	根据 phi/psi 二面角绘制拉式图（Ramachandran plot）
xvg_energy_compute	计算蛋白质-配体相互作用能

XPM 命令（矩阵可视化）

命令	功能说明
xpm_show	使用 4 种绘图引擎可视化 XPM 矩阵
xpm2csv	将 XPM 转换为 CSV 格式（x, y, value）
xpm2dat	将 XPM 转换为 M×N 矩阵格式
xpm_diff	计算两个 XPM 文件的差值（仅连续型）
xpm_merge	将两个 XPM 文件沿对角线合并

NDX 命令（索引文件）

命令	功能说明
ndx_add	向 NDX 文件添加新的索引组
ndx_split	将一个索引组切分为多个
ndx_show	显示所有索引组名称
ndx_rm_dup	删除重复的索引组

工具命令

命令	功能说明
mdp_gen	生成 GROMACS MDP 文件模板
show_style	显示/生成绘图样式配置文件
find_center	查找原子组的几何中心
dccm_ascii	将 ASCII 协方差矩阵转换为 DCCM XPM
dssp	将 GROMACS 2023 DSSP 格式转换为 XPM/XVG

完整参数说明请参阅 commands-reference.md。

绘图引擎

引擎	适用场景
matplotlib（默认）	功能最全面，支持所有模式
plotly	交互式图表，适合网页展示
gnuplot	高质量输出，需单独安装
plotext	终端显示，快速预览

使用 -eg 参数指定引擎：dit xvg_show -f data.xvg -eg plotly

常用工作流

可视化 XVG 数据

# 基本显示
dit xvg_show -f rmsd.xvg

# 比较多个文件
dit xvg_compare -f rmsd.xvg gyrate.xvg -c 1 1,2 -l RMSD Gyrate

# 计算平均值（从第 2000 行到末尾）
dit xvg_ave -f rmsd.xvg -b 2000

# 显示分布
dit xvg_show_distribution -f gyrate.xvg -c 1

显示 XPM 矩阵

# 基本显示
dit xpm_show -f dccm.xpm -cmap coolwarm -zmin -1 -zmax 1

# 3D 模式
dit xpm_show -f fel.xpm -m 3d -x PC1 -y PC2 -z Energy

# 等高线图
dit xpm_show -f dccm.xpm -m contour -cmap coolwarm

# 交互式 plotly
dit xpm_show -f fel.xpm -eg plotly -m 3d

更多实际场景请参阅 examples.md。

参考文档

• commands-reference.md - 完整命令参数说明
• examples.md - 实际使用场景示例

相关资源

• GitHub: https://github.com/CharlesHahn/DuIvyTools
• 文档: https://duivytools.readthedocs.io/
• 引用: https://doi.org/10.5281/zenodo.6339993