PharmaAI

智能药物发现AI助手，提供分子毒性预测、ADMET评估和虚拟筛选功能。 基于Python科学计算核心(RDKit + scikit-learn)和Node.js Skill包装。 Use when: - 需要预测分子的hERG心脏毒性、肝毒性或Ames致突变性 - 需要评估分子的溶解度、代谢稳定性等ADMET性质...

PharmaAI Skill

智能药物发现工作流，整合数据增强、分子性质预测、毒性预测、ADMET预测和虚拟筛选。

核心功能

1. 分子毒性预测

• hERG心脏毒性: 预测QT间期延长风险 (ROC-AUC 0.852)
• 肝毒性: 预测肝损伤风险
• Ames致突变性: 预测基因突变风险

2. ADMET性质预测

• 溶解度: 水溶性等级预测
• 代谢稳定性: 半衰期预测
• CYP450抑制: 药物相互作用风险

3. 虚拟筛选

• 综合评分系统
• Top N候选筛选
• 分子结构可视化

使用方式

预测单个分子

import { predictMolecule } from './src/commands/predict';

const result = await predictMolecule('CC(C)Cc1ccc(cc1)C(C)C(=O)O');
console.log(result);
// {
//   smiles: 'CC(C)Cc1ccc(cc1)C(C)C(=O)O',
//   hERG: { risk: 'Low', probability: 0.05 },
//   hepatotoxicity: { risk: 'Low', probability: 0.10 },
//   ames: { risk: 'Low', probability: 0.05 },
//   overall: 'Safe'
// }

批量预测

import { batchPredict } from './src/commands/predict';

const results = await batchPredict([
  'CCO',
  'CC(C)O',
  'c1ccccc1'
]);

虚拟筛选

import { virtualScreen } from './src/commands/screen';

const topCandidates = await virtualScreen('molecules.csv', 10);

模型性能

模型	ROC-AUC	描述
hERG	0.852	心脏毒性预测
肝毒性	1.000	肝损伤预测
Ames	1.000	致突变性预测

技术架构

User Request
    ↓
OpenClaw Agent
    ↓
pharma-ai Skill (Node.js)
    ↓ [Python Bridge]
Python Core (RDKit + scikit-learn)
    ↓
Return Result

• Node.js层: Skill接口、命令处理、结果格式化
• Python层: RDKit化学计算、ML模型推理

依赖

• Node.js: onnxruntime-node (可选ONNX模型)
• Python: rdkit, scikit-learn, pandas, numpy

参考文档

• 详细使用说明: references/manual.md
• 开发路线图: references/roadmap.md