Method Repository

将论文分析中提取的流行病学研究设计和统计方法存入本地知识库数据库，支持去重。当用户说"存入数据库"、"保存到知识库"、"记一下这个方法"时激活。

Security Scan

总体上这个技能的功能声明与其要求相匹配，但说明文档中存在若干实现细节不一致和潜在风险（硬编码的本地路径、SQL 占位符写法、未说明如何获取“权威定义”），建议在安装前修正和确认这些点。

Purpose & Capability

技能声明是把论文中提取的研究设计/统计方法/概念存入本地 SQLite 数据库；SKILL.md 只要求读会话上下文并写入本地 DB，没有请求任何与此目的不相称的权限或外部凭据，整体目的与能力对齐。

Instruction Scope

说明明确指导从会话上下文抽取条目、去重并写入本地 SQLite。需要注意的几点：1) 数据库路径是硬编码的绝对 Windows 路径 (D:\autoclaw\结果\医学研究方法库\methods.db)，会在用户机器上创建/写入文件；2) 去重 SELECT 语句示例写成 WHERE method_name = '?'（带引号的 '?'），可能导致错误的匹配或没有按预期参数化查询；而 Python 插入示例使用参数化占位符但没有显示事务/提交或异常处理；3) 字段要求“权威来源的定义”，但未说明如何检索或验证这些权威来源（需要网络抓取或用户提供），这会导致作用域外的隐式行为。

Install Mechanism

这是 instruction-only 技能，没有 install 规范或外部下载风险；静态扫描也没有代码文件可分析，因此没有安装层面的高风险操作。

Credentials

技能不请求任何环境变量、凭据或外部服务访问，所需权限只是在本地创建/写入一个 SQLite 数据库文件，这与技能目的相称。但仍应确认目标路径是否合适以及是否会写入敏感位置。

Persistence & Privilege

技能不会设置 always:true，也不要求提升平台权限；但它会在硬编码位置创建并持久化一个数据库文件。用户应意识到技能会在本地持久保存数据，并审查文件路径、访问控制和是否希望技能自动写入而不额外提示。

What to consider before installing

这个技能在意图上是合理的（把论文方法存入本地 SQLite 并去重），但请在安装/使用前注意并采取以下措施： - 路径确认：SKILL.md 使用了硬编码的 Windows 路径 D:\autoclaw\结果\医学研究方法库\methods.db。确认你愿意在该位置创建/写入文件，或要求修改为更通用/可配置的路径（例如用户主目录下的子目录）。 - 写操作确认：技能会自动创建并写入数据库。若你不希望自动写入，要求在触发写入前进行明确确认提示。 - 修复 SQL/参数化问题：示例 SELECT 语句显示 WHERE ... = '?'（带引号），这会导致查重失败或不按参数化执行。确保实际实现使用正确的参数化查询（例如不在 SQL 中把占位符放在引号内），并加上事务/异常处理以避免数据损坏。不要使用字符串拼接执行 SQL。 - 权威来源与网络访问：SKILL.md 要求“权威来源的定义”，但没有说明如何获得它们。确认由谁提供这些来源（用户、会话上下文、或允许技能访问网络去检索引用）。如果实现会自动联网抓取，请评估网络访问范围并获取同意。 - 敏感数据与隐私：如果会话包含尚未公开或敏感的研究数据/注释，技能会将其持久化到本地文件。确认这符合你的隐私/合规要求，并考虑加密或访问控制。 - 测试与回滚：在向正式数据库写入前，先在测试数据库上试运行样例，确认去重和插入行为符合预期，并备份现有数据以便回滚。 基于上述问题（尤其是硬编码路径和示例 SQL 的不一致），我将评估定为“suspicious（可疑）”。这些看起来更像是实现上的疏忽而非恶意，但在允许其写入本地文件前应要求修正/确认这些细节。

将论文分析中提取的流行病学研究设计和统计方法存入本地 SQLite 数据库，实现自动去重。

触发条件

当用户说以下话语时激活：

• "存入数据库"
• "保存到知识库"
• "记一下这个方法"
• "把分析结果存到数据库"
• "记录这些方法"

数据库结构

数据库路径：D:\autoclaw\结果\医学研究方法库\methods.db

表1：study_designs（流行病学研究设计）

字段	类型	说明
id	INTEGER	主键
design_name	TEXT UNIQUE	研究设计名称（中文）
design_name_en	TEXT	英文名称
cohort_name	TEXT	队列名称（如：UK Biobank、Framingham Heart Study、NHANES等著名队列的具体队列名称）
data_source	TEXT	数据来源（如：UK Biobank、NHANES、SEER等公开数据库，或研究发起单位的医院/社区）
cohort_features	TEXT	队列特征（样本量、年龄范围、随访周期、地理/人口特征）
description	TEXT	研究设计描述
key_features	TEXT	核心特征
suitable_scenarios	TEXT	适用场景（什么研究问题适合用此设计）
advantages	TEXT	优点
limitations	TEXT	局限性
paper_source	TEXT	来源论文标题
added_date	TEXT	录入日期

表2：statistical_methods（统计方法）

字段	类型	说明
id	INTEGER	主键
method_name	TEXT UNIQUE	方法名称（中文）
method_name_en	TEXT	英文名称
category	TEXT	方法类别（如：生存分析、降维方法、缺失数据处理、因果推断）
purpose	TEXT	用途/解决的问题
key_assumptions	TEXT	核心假设前提（如：Cox的比例风险假设、MICE的随机缺失假设）
data_requirements	TEXT	数据要求（如：需要随访时间、需要分类变量、样本量要求）
suitable_scenarios	TEXT	适用场景（在什么情况下选择此方法）
interpretation	TEXT	结果解读方式（HR/OR/RR/PD等指标的含义）
advantages	TEXT	优点
limitations	TEXT	局限性
paper_source	TEXT	来源论文标题
added_date	TEXT	录入日期

表3：concepts（流行病学概念/指标）

字段	类型	说明
id	INTEGER	主键
concept_name	TEXT UNIQUE	概念名称
concept_name_en	TEXT	英文名称
definition	TEXT	定义（权威来源的定义，非自行推断）
measurement	TEXT	测量方式（如何操作化定义）
suitable_contexts	TEXT	适用情境（在哪些研究场景中使用）
related_methods	TEXT	相关联的方法（如：竞争风险相关方法列表）
data_source	TEXT	典型数据来源（如：哪个公开数据库收录此变量）
paper_source	TEXT	来源论文标题
added_date	TEXT	录入日期

表4：table_layouts（论文图表布局规范）

字段	类型	说明
id	INTEGER	主键
table_name	TEXT UNIQUE	表格名称（如 Table 1、Table 2）
table_name_en	TEXT	英文名称
purpose	TEXT	用途/展示目的
row_structure	TEXT	行结构（变量如何排列、嵌套逻辑）
column_structure	TEXT	列结构（分组如何排列、模型如何布局）
variable_order	TEXT	变量排列顺序（连续→分类→代谢/疾病指标）
formatting_rules	TEXT	格式规范（连续变量格式、分类变量格式、HR/CI格式）
statistical_tests	TEXT	统计方法（用什么检验、用什么模型）
notes	TEXT	注意事项（如脚注内容、参照组标注方式）
paper_source	TEXT	来源论文标题
added_date	TEXT	录入日期

执行步骤

Step 1：解析当前会话上下文

从最近的分析对话中提取：

• 研究设计名称、数据来源、队列特征
• 统计方法的假设前提、数据要求、适用场景
• 概念的权威定义、测量方式、典型应用

如果当前会话中没有足够信息，先询问用户补充。

Step 2：自动去重检查

SELECT * FROM statistical_methods WHERE method_name = '?'
SELECT * FROM study_designs WHERE design_name = '?'
SELECT * FROM concepts WHERE concept_name = '?'
SELECT * FROM table_layouts WHERE table_name = '?'

• 已存在 → 跳过
• 不存在 → 准备插入

Step 3：写入数据库

conn.execute('INSERT OR IGNORE INTO study_designs
    (design_name, design_name_en, cohort_name, data_source, cohort_features,
     description, key_features, suitable_scenarios, advantages, limitations, paper_source)
    VALUES (?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?)',
    (design_name, en_name, cohort_name, data_source, cohort_features,
     desc, key_features, scenarios, advantages, limitations, paper_source))

conn.execute('INSERT OR IGNORE INTO statistical_methods
    (method_name, method_name_en, category, purpose, key_assumptions, data_requirements,
     suitable_scenarios, interpretation, advantages, limitations, paper_source)
    VALUES (?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?)',
    (name, en_name, category, purpose, assumptions, data_req,
     scenarios, interpretation, advantages, limitations, paper_source))

conn.execute('INSERT OR IGNORE INTO table_layouts
    (table_name, table_name_en, purpose, row_structure, column_structure,
     variable_order, formatting_rules, statistical_tests, notes, paper_source)
    VALUES (?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?)',
    (table_name, en_name, purpose, row_structure, column_structure,
     variable_order, formatting_rules, statistical_tests, notes, paper_source))

Step 4：汇总报告

【数据库存入完成】

## 新增记录（X条）
| 类型 | 名称 | 数据来源/类别 | 来源 |
|------|------|-------------|------|

## 跳过（已存在，X条）
| 类型 | 名称 |

## 当前数据库统计
- 研究设计：N 条
- 统计方法：N 条
- 流行病学概念：N 条
- 论文图表布局：N 条

注意事项

• 使用 INSERT OR IGNORE 保证 UNIQUE 约束自动去重，不报错
• 每个字段都尽量填写完整，不要留空；无法确定的字段标注"待补充"
• paper_source 记录来源论文，方便追溯
• 数据来源尽量写具体数据库名称（如 UK Biobank、SEER、CHNS），而非泛泛写"公开数据库"
• 数据库文件不存在时会自动创建